人体几乎每个细胞都装着同一套DNA，为什么神经元和皮肤细胞长得如此不同、干的活也完全两样？一个重要的答案是：细胞们读的是同一本书，做的批注却各不相同。
这套“批注系统”叫表观遗传：不改变DNA序列本身、却影响基因开关状态的化学标记。最常见的一种是DNA甲基化——在DNA的胞嘧啶（碱基字母C）的第五个碳原子上挂一个甲基基团，相当于在字旁做个记号。细胞里有专门“写批注”的酶（DNA甲基转移酶），有负责“擦批注”的酶（TET家族），还有一类专门“读批注”的蛋白，根据记号决定附近的基因是沉默还是活跃。除了甲基化，表观遗传还包括组蛋白修饰、染色质重塑等好几套并行的标记系统。
MeCP2正是最著名的“读批注蛋白”之一。它极其灵敏，结合一对甲基化的CpG位点就能开始工作，据此抑制或激活基因、整理染色质（DNA与蛋白质缠绕成的结构）。它在脑中含量很高，神经元和多种胶质细胞里都有；在人类胎脑中，孕10周左右就能在脑干和大脑皮层检测到它的表达，随后陆续出现在丘脑、中脑和基底节——那正是大脑打地基的时期。
这套系统一旦出问题，后果说明了批注的分量。Rett综合征是一种主要影响女孩的神经发育障碍，大约每一万名活产女婴中出现一例；综述指出，超过95%的患者携带MECP2基因的新发变异——也就是父母本身并不携带、在生殖细胞中新出现的变异。此时DNA“正文”里绝大多数字并没有错，只是读批注的蛋白失灵了，神经元的成熟和突触的功能便随之受到影响。这也是谱系研究关注MECP2的原因之一：它把甲基化标记与大脑发育直接连在了一起。
表观遗传最耐人寻味的地方在于：批注不是一次写定的。不同发育阶段、不同细胞类型，标记的分布都在调整。因此研究者把它看作基因与环境在大脑中真实交汇的分子界面——基因提供文本，发育过程参与批注，神经元按批注后的版本去工作。读懂这套批注系统在脑发育期如何运转，是理解谱系等神经发育差异从何而来的一条重要线索。
